1. Văn phòng Sở:
     Tham mưu, giúp Giám đốc sở thực hiện các nhiệm vụ công tác: Tổ chức cán bộ, hành chính, tổng hợp, thi đua khen thưởng, văn thư, lưu trữ; cải cách hành chính, điều phối hoạt động các đơn vị trực thuộc theo chương trình, kế hoạch công tác của sở; đảm bảo các điều kiện làm việc phục vụ cho sự chỉ đạo điều hành cả lãnh đạo sở và hoạt động toàn ngành.

2. Phòng Kế hoạch - Tài chính:
     Tham mưu giúp Giám đốc sở xây dựng kế hoạch tài chính ngành dài hạn, ngắn hạn, hàng năm về lao động, người có công và xã hội; lập dự toán hàng năm phục vụ hoạt động ngành; kiểm tra, thẩm tra, thẩm kế các chương trình, dự án tài trợ quốc tế; theo dõi nguồn kinh phí Trung ương, địa phương; trực tiếp quản lí chi trả trợ cấp hàng năm cho người có công và tiền lương cán bộ, công chức, viên chức của Sở; thực hiện công tác quản lí tài chính, tài sản của sở.

 3. Phòng Người có công:
     Tham mưu, giúp Giám đốc sở hướng dẫn và tổ chức thực hiện các quy định của nhà nước đối với người có công trên địa bàn tỉnh.
Tổ quản lý nghĩa trang liệt sỹ tỉnh (thuộc phòng Người có công)
Quản lý và tiếp nhận mộ liệt sỹ đưa vào nghĩa trang; tổ chức tiếp đón, hướng dẫn thân nhân liệt sỹ và các đoàn đại biểu thăm viếng hàng ngày và các dịp lễ tế; phối hợp, tổ chức đi cất bóc hài cốt liệt sỹ đưa về nghĩa trang liệt sĩ (nếu có); quản lý chăm sóc cây cảnh và trực bảo vệ nghĩa trang liệt sỹ.

4. Phòng Lao động - Việc làm:
       Tham mưu, giúp Giám đốc sở thực hiện thực hiện chức năng quản lý nhà nước về hợp đồng lao động, ký kết thỏa ước lao động tập thể, kỷ luật lao động và trách nhiệm vật chất; giải quyết tranh chấp lao động và đình công; chế độ đối với người lao động trong sắp xếp, tổ chức lại và chuyển đổi doanh nghiệp nhà nước, doanh nghiệp phá sản, giải thể, cổ phần hóa, bán, khoán, cho thuê; hướng dẫn việc thực hiện tiền lương, tiền công; cấp sổ lao động, theo dõi và quản lý sử dụng sổ lao động; thực hiện các quy định của pháp luật về bảo hiểm xã hội bắt buộc, bảo hiểm xã hội tự nguyện, bảo hiểm thất nghiệp theo thẩm quyền; thực hiện quy hoạch, kế hoạch, chương trình, giải pháp về việc làm, chính sách phát triển thị trường lao động của tỉnh; quản lý và sử dụng nguồn lao động; thông tin thị trường lao động; chính sách việc làm đối với đối tượng đặc thù; quản lý các tổ chức giới thiệu việc làm; Hướng dẫn và tổ chức việc đưa người lao động  Việt Nam đi làm việc ở nước ngoài theo hợp đồng tại địa phương theo qui định của pháp luật. Hướng dẫn, tổ chức thực hiện Chương trình quốc gia về bảo hộ lao động, an toàn lao động, vệ sinh lao động, tuần lễ quốc gia về an toàn lao động, vệ sinh lao động và phòng, chống cháy nổ; tổ chức huấn luyện và cấp giấy chứng nhận về an toàn lao động, vệ sinh lao động cho người lao động, người sử dụng lao động; thực hiện các quy định về đăng ký các máy, thiết bị, vật tư có yêu cầu nghiêm ngặt về an toàn lao động; hướng dẫn việc kiểm tra chất lượng sản phẩm, hàng hóa đặc thù về an toàn lao động trên địa bàn tỉnh theo quy định pháp luật; tổng hợp báo cáo UBND tỉnh và Bộ Lao động - Thương binh và Xã hội về tình hình tai nạn lao động tại địa phương; hướng dẫn các tổ chức, cá nhân sử dụng lao động thực hiện thống kê và báo cáo về tai nạn lao động.

5. Phòng Dạy nghề:
     Tham mưu, giúp Giám đốc sở về thực hiện qui hoạch, kế hoạch, chương trình, dự án phát triển dạy nghề của tỉnh.

6. Phòng Bảo trợ xã hội :
     Tham mưu, giúp Giám đốc sở hướng dẫn, thực hiện chế độ, chnhs sách đối với các đối tượng bảo trợ xã hội; Hướng dẫn, tổ chức thực hiện chương trình, kế hoạch và giải pháp phòng, chống tệ nạn xã hội.

7. Phòng bảo vệ, chăm sóc trẻ em -  bình đẳng giới:
     Tham mưu, giúp Giám đốc sở hướng dẫn và tổ chức thực hiện chương trình, kế hoạch, hành động bảo vệ, chăm sóc trẻ em;  Hướng dẫn và tổ chức thực hiện chính sách, chương trình, dự án, kế hoạch về bình đẳng giới.

8. Thanh tra:
     Tham mưu, giúp Giám đốc sở thực hiện chức năng thanh tra hành chính, thanh tra chuyên ngành về lao động, người có công và xã hội trong phạm vi  nhiệm vụ, quyền hạn của Giám đốc sở.
Thanh tra Sở Lao động – Thương binh và Xã hội có con dấu riêng để hoạt động;

9. Trung tâm Dịch vụ việc làm:
     Tư vấn về việc làm, học nghề, chính sách có liên quan đến qaun hệ lao động; giới thiệu việc làm cho người lao động; thu nhập, phân tích và cung ứng thông tin về thị trường lao động; tổ chức dạy nghề theo qui định của pháp luật.

10. Trung tâm Nuôi dưỡng người có công và Bảo trợ xã hội:
     Tổ chức tiếp nhận, quản lí, nuôi dưỡng thường xuyên và điều dưỡng luân phiên hàng năm người có công với nước; nuôi dưỡng người già neo đơn, tàn tật, trẻ mồ côi không còn người thân chăm sóc theo đúng qui định của Nhà nước.

11. Cơ sở Cai nghiện ma túy và trợ giúp xã hội:
     Tổ chức tiếp nận, phân loại, quản lý, chữa bệnh, phục hồi chức khỏe, chăm sóc tư vấn cho đối tượng ma túy, mại dâm, người bị nhiễm HIV/AIDS (kể cả đối tượng tự nguyện) theo qui định của pháp luật; lao động trị liệu, lao động sản xuất, hướng nghiệp, tạo việc làm cho đối tượng; tổ chức dạy nghề, dạy học văn hóa, giáo dục pháp luật, đạo đức, rèn luyện thể chất, phục hồi hành vi nhân cách; thể dục, thể thao phù hợp với điều kiện của Trung tâm và trình độ của đối tượng.

12. Trung tâm Công tác xã hội:
     Tổ chức triển khai các hoạt động truyền thông, giáo dục, tư vấn, tham vấn, thực hiện các dịch vụ có liên quan đến lĩnh vực bảo vệ, chăm sóc trẻ em trên địa bàn tỉnh.

13. Trường Trung cấp nghề Thanh niên dân tộc Phú Yên:

    Tổ chức đào tạo nghề ở trình độ trung cấp nghề và sơ cấp nghề; bồi dưỡng, nâng cao trình độ kỹ năng nghề cho người lao động theo yêu cầu của tổ chức và cá nhân có nhu cầu; tổ chức nghiên cứu khoa học; ứng dụng tiến bộ kỹ thuật, chuyển giao công nghệ; thực hiện sản xuất, kinh doanh và dịch vụ khoa học, kỹ thuật theo quy định của pháp luật

14. Tổ quản lý nghĩa trang Liệt sĩ tỉnh:

         Quản lý, tiếp nhận mộ liệt sĩ đưa vào nghĩa trang; Tổ chức tiếp đón, hướng dẫn các thân nhân liệt sĩ và các đoàn đại biểu thăm viếng; phối hợp, tổ chức đi cất bốc hài cốt liệt sĩ đưa về nghĩa trang liệt sĩ.